Il film ripercorre i due anni di attività pastorale di Don Pino Puglisi, insediatosi come parroco nel quartiere Brancaccio a Palermo, una delle zone della Sicilia con la più alta densità mafiosa, dal 1991 ed assassinato dalla mafia il 15 settembre 1993, giorno del suo cinquantaseiesimo compleanno. Preso atto, dopo i primi giorni nella nuova parrocchia, dell’assenza cronica di fedeli, Don Pino si dà da fare per farsi conoscere dalla gente del quartiere in cui è nato. Il suo modo di fare aperto e diretto infonde fiducia nella gente che ben presto ricomincia a frequentare la chiesa. Gran parte del lavoro del parroco viene svolta sui bambini, nel tentativo di recuperarli dalla strada e sottrarli alle attività criminali della mafia. Approntato un campo di calcio nel cortile parrocchiale chiama a raccolta i ragazzi cercando di insegnare loro nuove regole e nuovi valori.
Il suo “centro di accoglienza” diventa ben presto un punto di riferimento per tutti i giovani del quartiere, mentre gli adulti, stimolati da Don Pino, cominciano a sviluppare una coscienza civile molto più critica nei confronti delle gravi assenze delle istituzioni.
Il lavoro di professore di religione svolto nelle scuole consente inoltre al parroco di lavorare anche con gli adolescenti dei quartieri meno poveri, invitandoli a ragionare con la propria testa e a farsi carico in modo diretto dei problemi della propria città. Le continue intimidazioni subite da parte dei boss locali portano Don Pino a richiedere alla curia un aiuto, che si materializza con l’arrivo di tre suore e di un vice-parroco. Il lavoro di squadra porta a risultati che si spingono al di là della semplice attività parrocchiale: gruppi di abitanti del quartiere organizzano manifestazioni di denuncia nei confronti delle attività mafiose illegali. La partecipazione massiccia alle celebrazioni solenni che seguono i due gravissimi attentati ai giudici Falcone e Borsellino sono un segno di rinnovata sensibilità nei confronti della lotta alla mafia, e le omelie diventano per Don Pino occasione per denunciare apertamente le connivenze tra i politici locali e la criminalità organizzata. A seguito di queste prese di posizione estremamente pericolose per la credibilità e la rispettabilità dei boss, viene organizzato l’attentato al parroco.
Il suo corpo agonizzante nel centro di Brancaccio rimane per lunghissimi minuti senza soccorso: le persiane delle case rimangono chiuse in un mutismo spaventato e i pochi passanti cambiano strada fingendo di non aver visto niente.
